Un certificat de conformité ne peut pas t'être demandé par un contrôleur technique. Je ne vois pas ce qu'il en ferait. Il est là pour vérifier l'état technique d'un véhicule, en aucun cas son homologation sur le territoire.
La seule administration qui peut te le demander, c'est la préfecture pour ta nouvelle immat.
Pour l'avoir, il faut que tu fasses une demande auprès de VW France. Tu peux appeler le service homologations à ce numéro: 03 23 73 81 77
Donc:
Etape 1: va dans un autre CT. Ca devrait se passer plus simplement.
Etape 2: fais tes démarches normalement. Tu ne devrais pas avoir à passer à la DRIRE.
Dans tous les cas, tiens nous au courant!